В октябре 1941 г. МЗВИ был эвакуирован из Москвы в г. Петропавловск (Казахская ССР), а ВВА в 1942 г. – в г. Самарканд (Узбекская ССР), где продолжала вести подготовку необходимых для армии ветеринарных кадров.
В связи с большой потребностью в ветеринарных врачах для войск, число слушателей в ВВА было увеличено с 700 до 1400. Срок обучения был сокращен: вместо 5-летнего введено 3-летнее обучение, в связи с этим проводились ускоренные выпуски ветврачей. В 1943 г. академия перешла на 4-летний срок обучения. За годы войны академия произвела 8 выпусков.
Академия вела большую работу по подготовке и усовершенствованию ветеринарных врачей – специалистов: хирургов, терапевтов, эпизоотологов, для ветеринарных отделов фронтов и армий, а также для фронтовых и армейских ветеринарных лазаретов, и лабораторий. Профессорско-преподавательский состав выезжал в действующую армию, где на практической работе в полевых ветеринарных учреждениях на кратковременных сборах готовил специалистов. Научно-исследовательская работа академии была также перестроена и направлена на обеспечение нужд ветеринарной службы войск действующей армии, а все новейшие достижения в военной ветеринарии внедрялись в практику войск и ветеринарных учреждений фронтов и военных округов.
